Приблизительный расчет такой -
6% с оборота - это проще, но если прибыль меньше 6%, вы работает в убыток.
Второй вариант удобен, если прибыльность по сделкам от 10 до где-то 50%.
Но если прибыль превышает 100 %, то тут уже опять - % с оборота выгоднее.
У меня несколько юрлиц с разными видами НО. Для разных случаев-)))
Прикиньте свою норму прибыльности и просчитайте оба варианта.